Les plus beaux manuscrits de la Bibliothèque du Grand Séminaire ont été confisqués lors de la séparation de l'Eglise et de l'Etat, en 1905-1906; ils ont rejoint depuis la collection de la Bibliothèque Municipale.
D'autre part, les précieux manuscrits accumulés par l'abbé Michel n'ont jamais rejoint la bibliothèque du Séminaire, mais ont été donnés par ses héritiers, après sa mort, au Musée Lorrain où ils brûlèrent en juillet 1871 lors de l'incendie du Musée.
Par conséquent, la Bibliothèque Diocésaine ne conserve qu'un nombre assez réduit de manuscrits médiévaux.